Le rhizostome est une grosse méduse, massive, dont l'ombrelle en forme de cloche est frangée de 80 à 100 lobes. Elle mesure en général de 30 à 60 cm de diamètre mais elle peut atteindre une taille de un mètre! Les bords de l'ombrelle sont finement dentelés et présentent un liseré bleu ou mauve. Il n'y a pas de tentacules.
Sous l'ombrelle le manubrium est formé par la soudure des 4 bras buccaux, eux-mêmes divisés en 2, soit 8 lobes. Chacun de ces 8 lobes se termine par 2 languettes transparentes. Cette fusion transforme la bouche en une structure aspirante et filtrante percée de nombreux petits trous: les ostioles.
La couleur de la méduse est très variable: blanche, jaune, brune orangée, verte, bleue ou mauve.