"1337", comme l’appellent les acteurs du dossier, conformément au numéro attribué à la procédure, a été ouverte le 13 février 1998. En mars 2014, les juges qui ont instruit l'affaire ont signifié la fin de l’enquête au parquet de Paris qui, pas pressé, a attendu deux ans supplémentaires pour régler peut-être définitivement ce dossier qu'il savait être le symbole d'un grave dysfonctionnement.
Avant l'interpellation en mai 1999 des assassins présumés du préfet de Corse Claude Erignac, les enquêteurs ont longtemps cru que les auteurs de ce crime étaient des agriculteurs proches de la mouvance nationaliste.
Quelques jours après l'assassinat du préfet, Marcel Lorenzoni, figure du milieu nationaliste et responsable agricoles, est arrêté, mis en examen et incarcéré dans une enquête incidente à celle sur l'assassinat du préfet.
Au total, une trentaine de personnes seront, après lui; mises en examen et placées en détention provisoire plusieurs mois dans ce dossier baptisé «piste agricole» et longtemps laissé en jachère par les juges d'instruction.
En février 1998, le postulat de départ des enquêteurs est simple. Dès son arrivée en Corse, Claude Erignac a cristallisé l'hostilité des nationalistes agricoles. D'autant plus qu'il avait reçu la mission de négocier le désendettement partiel des paysans, mis en place en janvier 1997 par le plan Juppé.
En effet, l'agriculture corse traverse alors une crise profonde. La dette des paysans s'élève à 910 millions de FF dont 580 millions sont sans aucune perspective de remboursement.
Le plan Juppé prévoit la prise en charge partielle des intérêts de la dette sous la double condition d'un examen au cas par cas des exploitations et l'acceptation par leurs propriétaires d'une plus grande rigueur dans le remboursement des prêts. Ce qui signifie la disparition d'un certain nombre d'exploitations, non sans provoquer un mécontentement certain des agriculteurs.
Un élément matériel vient corroborer la thèse de la piste agricole : les «sacs de salaison pour charcuterie artisanale» qui ont servi à neutraliser les gendarmes de Pietrosella, en septembre 1997, où sera dérobée l'arme qui servira à tuer le préfet.
Un autre élément vient renforcer la conviction des enquêteurs: l'analyse des champs sémantiques. Certains termes des communiqués de syndicats agricoles rappellent les expressions employées par les auteurs du texte de revendication de l'assassinat du préfet Erignac.
Cette « analyse sémantique » conduit à l'arrestation de Mathieu Filidori. Il sera remis en liberté quelques mois après..
Dans le rapport qu'il remet peu de temps ava,t au juge d'instruction Jean-Louis Bruguière, Roger Marion, alors patron de la DNAT (Direction nationale anti-terroriste), écrit que "l'enquête a permis d'établir" l'implication du syndicaliste "dans la rédaction du texte de revendication de l'assassinat".
Pourtant en novembre 1998, le préfet Bernard Bonnet transmet au juge Bruguière, par l'intermédiaire du procureur de la République de Paris, les noms de Ferrandi, Istria, et Colonna, aux antipodes de la "piste agricole" qui a, dès lors, tourné court..
Le Parquet antiterroriste de Paris a fini par l'admettre. 18 ans après l'avoir ouverte.