Ce qui poserait problème au poste 40 du môle de la Pinède, réside dans l'opération de pompage avec du matériel à très haut débit.
Cette façon d'évacuer l'eau, qui a fait s'affaisser le bâtiment de la SNCM, risquerait de rompre la stabilité du Napoléon-Bonaparte et ainsi de le faire chavirer en raison du déplacement important de l'eau dans ses compartiments.
Autres inquiétudes : celles inhérentes aux tensions que ces déplacements d'eau exerceraient sur la structure elle-même ? Résistera t-elle à ces pressions et aux phénomènes de "carène liquide" qui se produisent quand autant d'eau est bruquement déplacée ?
Pour éviter de faire subir à son navire-amiral de nouvelles avanies la SNCM aurait, ainsi, fait remplir ses ballats, mais revers de la médaille le Napoléon-Bonaparte s'est enfoncé un peu plus dans la vase du port marseillais et est désormais submergé jusqu'au pont numéro 5…
Pour éviter le pire, la SNCM a mobilisé à Marseille des ingénieurs des chantiers navals de Saint-Nazaire où le navire a été construit et confié la maîtrise d'ouvrage du sauvetage duNapoléon à des spécialistes de l'industrie navale.