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Corse d'origine, Squillaci fait ses classes à l'AS Monaco après avoir été formé à Toulon. Il est ensuite prêté durant deux saisons à l'AC Ajaccio. En 2002, il permet au club d'accéder à la ligue 1 et de remporter au passage le titre de champion de France de Ligue 2. De retour à Monaco, il s'impose petit à petit en défense centrale.
En 2004, il honore sa première sélection en équipe de France A. Après avoir atteint la finale de Ligue des champions avec Monaco, il forme l'une des meilleures charnières centrales de Ligue 1 avec Gaël Givet. Les deux joueurs forment aussi, à l'occasion, la charnière de l'équipe de France. Cependant, après le retour de Lilian Thuram, Squillaci est écarté de l'équipe de France.
Après une saison mitigé, et après avoir raté la Coupe du monde, Squillaci quitte le Rocher en 2006.
signe à l'Olympique lyonnais à l'été 2006 et s'impose rapidement en tant que titulaire indiscutable. Comme beaucoup de Lyonnais, il retrouve l'équipe de France. Au début de la saison 2008-2009, il quitte l'Olympique lyonnais pour le FC Séville.
Pendant ses deux années au FC Séville, il s'impose à son poste de défenseur central et gagne une place de titulaire où il est souvent associé à Julien Escudé. Il remporte avec le club andalou la Coupe d'Espagne en 2010 face à l'Atlético de Madrid.
Le 26 août 2010, il signe un contrat de trois ans avec le club londonien d'Arsenal, le transfert s’élève à 6,5 Millions d'€uros 1 . Le 3 octobre 2010, il porte le brassard de capitaine lors de la 7e journée de Premier League face à Chelsea (défaite 2-0). En Mai 2013, il quitte Arsenal à la fin de son contrat..
Il reformera sans doute un sacré tandem avec François Modesto qui fut pendant un bon moment son coéquipier à Monaco.
En 2004, il honore sa première sélection en équipe de France A. Après avoir atteint la finale de Ligue des champions avec Monaco, il forme l'une des meilleures charnières centrales de Ligue 1 avec Gaël Givet. Les deux joueurs forment aussi, à l'occasion, la charnière de l'équipe de France. Cependant, après le retour de Lilian Thuram, Squillaci est écarté de l'équipe de France.
Après une saison mitigé, et après avoir raté la Coupe du monde, Squillaci quitte le Rocher en 2006.
signe à l'Olympique lyonnais à l'été 2006 et s'impose rapidement en tant que titulaire indiscutable. Comme beaucoup de Lyonnais, il retrouve l'équipe de France. Au début de la saison 2008-2009, il quitte l'Olympique lyonnais pour le FC Séville.
Pendant ses deux années au FC Séville, il s'impose à son poste de défenseur central et gagne une place de titulaire où il est souvent associé à Julien Escudé. Il remporte avec le club andalou la Coupe d'Espagne en 2010 face à l'Atlético de Madrid.
Le 26 août 2010, il signe un contrat de trois ans avec le club londonien d'Arsenal, le transfert s’élève à 6,5 Millions d'€uros 1 . Le 3 octobre 2010, il porte le brassard de capitaine lors de la 7e journée de Premier League face à Chelsea (défaite 2-0). En Mai 2013, il quitte Arsenal à la fin de son contrat..
Il reformera sans doute un sacré tandem avec François Modesto qui fut pendant un bon moment son coéquipier à Monaco.